你好，深圳生產企業與外貿企業出口貨物的增值稅退稅計算方法不一樣：

1）生產企業自營或委托外貿企業代理出口自產貨物，除另有規定外，增值稅一律實行免、抵、退稅管理辦法。實行免、抵、退稅辦法的“免”稅，是指對生產企業出口的自產貨物，免征本企業生產銷售環節增值稅；“抵”稅，是指生產企業出口的自產貨物所耗用的原材料、零部件、燃料、動力等所含應予退還的進項稅額，抵頂內銷貨物的應納稅額；“退”稅，是指生產企業出口的自產貨物在當月內應抵頂的進項稅額大于應納稅額時，對未抵頂完的部分予以退稅。

2）外貿企業出口貨物實行“免、退”稅管理辦法，即對本出口銷售環節增值部分免稅，進項稅額退稅。